A origem do emblema da universidade regista a história de um período de frustração e aprimoramento espiritual na Nankai. Em 1917, Tianjin sofreu uma inundação devastadora. Em meados de setembro, o canal sul rompeu o aterro, inundando a área urbana e a escola Nankai não foi poupada. Sob a liderança do presidente interino Zhang Pengchun e graças aos esforços conjuntos de toda a equipa da escola, esta foi primeiro transferida para a Associação de Juventude Dongmalu, e posteriormente para a Escola Superior de Ciência Política e Direito de Hebei. Zhang Pengchun fez um discurso na cerimónia de abertura daquele ano que encorajou muito o espírito dos professores e alunos: Os estudantes estão a viver no espírito e não na escola. O espírito dos meus professores e estudantes está sempre presente. As pessoas que perderam a vida no desastre não me podem impedir de progredir！Durante este difícil período, os alunos da Nankai usaram um crachá temporário de papel roxo e branco ao peito, sempre lembrando a si mesmos que as pessoas da Nankai precisam aprimorar a sua vontade, cultivar a si mesmas e levar adiante o espírito da Nankai. Os professores e estudantes da Nankai não regressaram à escola até julho do ano seguinte. Posteriormente, todos os anos no dia 23 de setembro, a escola realiza um Evento Comemorativo da Inundação no refeitório. Todos os estudantes se sentam em frente à mesa e comem mingau para comemorar. Eles usam cartões roxos e brancos com a palavra “Nankai” impressa ao peito, tal como os colegas daquele ano, mas a seguinte linha foi adicionada em letras pequenas: 

Primeiro emblema da Universidade Nankai

Primeiro emblema da Universidade Nankai

Em comemoração do 100º aniversário da Nankai, um novo emblema escolar começou a ser usado a 17 de outubro de 2004. O novo emblema consiste numa estrela octogonal dentro de um círculo duplo, no meio da qual se pode ler a palavra Nankai em escrita de Selo. A palavra é cercada por uma imagem em forma de estrela. No interior do círculo duplo, na parte superior lê-se Universidade Nankai e a parte inferior é marcada por 1919, o ano de fundação da Universidade Nankai. 

Emblema escolar usado antes de 17 de outubro de 2004

Emblema escolar usado após 17 de outubro de 2004 

A imagem central do emblema da Universidade Nankai é uma estrela de oito pontas, formada pela superposição e combinação de dois quadrados. Os oito cantos são todos em ângulo reto e apontam para as direções leste, oeste, sul, norte, sudeste, nordeste, sudoeste e noroeste. Em primeiro lugar, incorpora a ideia de Ser um homem honesto. Em segundo, reflete o espírito da Universidade Nankai de enfrentar todas as direções de mente aberta e conhecimento amplo e avançar. A interação entre a estrela de oito pontas e o círculo externo e a fusão das culturas ocidental e oriental refletem a filosofia da Universidade Nankai de conhecer tudo ao redor e agir diretamente, procurando a excelência, dedicando-se aos interesses públicos e desenvolvimento integral.